Memex → Papervault: Mimari Yolculuk

Temel Altyapı Foundation Infrastructure

memex: Domain-agnostik wiki motoru memex: Domain-agnostic wiki engine

memex, her tür bilgi biriktirme projesinin üzerine inşa edilebileceği genel amaçlı bir altyapıdır. Ham kaynak dosyasını alıp yapılandırılmış wiki sayfasına dönüştüren ajan döngüsünü tanımlar — domain ne olursa olsun aynı mekanizma çalışır. memex is a general-purpose infrastructure upon which any type of knowledge accumulation project can be built. It defines the agent loop that takes a raw source file and converts it into a structured wiki page — the same mechanism works regardless of the domain.

Giriş Input

wiki/raw/ Salt okunur — asla değiştirilmez Read-only — never modified

İşleme Processing

runner/ locker/ validator/ scheduler/ budget/

Bilgi Knowledge

wiki/ papers · authors · methods · concepts · venues

Süreç Process

agents/ memory/ journal/ scratch/

Arama Search

MCP hybrid search BM25 + vector + RRF

Tier sistemi: bağlam yönetimi Tier system: context management

Her oturumda tüm wiki yüklenmez. Tier sistemi hangi dosyaların ne zaman bağlama gireceğini belirler. The full wiki is not loaded every session. The tier system determines which files enter context and when.

Tier 1 — Her oturum Tier 1 — Every session

→

memory/, scratch/, journal/ (son 3 günlast 3 days)

Tier 2 — Alan aktifken Tier 2 — When domain is active

→

wiki/index.md, aktifactive agents/*/AGENT.md + MEMORY.md

Tier 3 — Sadece istenince Tier 3 — Only when requested

→

wiki/archive/, outputs/, eski journalold journal

Sorun Alanı Problem Domain

Akademik paper neden farklı? Why is academic paper research different?

Genel wiki motoru bir dosyayı işleyebilir — ama akademik paper araştırması bunu çok aşar. PDF çeşitliliği, çok-kaynaklı keşif, atıf grafiği ve süreklilik gereksinimleri memex'in temel tasarımının dışında kalıyordu. A general wiki engine can process a file — but academic paper research goes far beyond that. PDF variety, multi-source discovery, citation graphs, and continuity requirements were outside memex's core design.

Sorun 01 Problem 01

Kaynak çeşitliliği Source variety

Aynı paper arXiv'de, PMC'de, DOI'de, kurumsal repoda farklı formatlarda (PDF, LaTeX, HTML, XML) bulunur. Tek kaynak yeterli değildir; kalite de değişir. The same paper can be found on arXiv, PMC, DOI, or institutional repos in different formats (PDF, LaTeX, HTML, XML). A single source is not enough; quality also varies.

"arxiv.org 403 döndü, diğer kaynakları denemedim." "arxiv.org returned 403, I didn't try other sources."

Sorun 02 Problem 02

Keşif döngüsü Discovery loop

Yeni bir konuya başlarken hangi paper'ların okunmaya değer olduğunu bulmak için web araması, Google Scholar, arXiv browsing gerekir — hepsi ayrı ayrı. When starting a new topic, web search, Google Scholar, and arXiv browsing are all needed to find worthwhile papers — all separately.

"Hangi paper'lardan başlayayım bilmiyorum." "I don't know which papers to start with."

Sorun 03 Problem 03

Atıf grafiği Citation graph

Paper A, yöntem B'yi kullanır; yöntem B, paper C'de tanımlanmıştır. Bu ilişki ancak ikisini de okuyunca görünür hale gelir. Paper A uses method B; method B is defined in paper C. This relationship only becomes visible when you read both.

"Bu yöntemi başka paper'larda da gördüm ama bağlantısı yok." "I've seen this method in other papers but there's no connection."

Sorun 04 Problem 04

Tekrarlayan araştırma Recurring research

Haftalık yeni paper keşfi manuel ve düzensizdir. Bazı alanlar takip edilir, bazıları unutulur. Birikim olmaz. Weekly new paper discovery is manual and irregular. Some areas are tracked, others are forgotten. No accumulation happens.

"Geçen ay ne okudum, yeni ne çıktı hatırlamıyorum." "I don't remember what I read last month or what's new."

Çözümler Solutions

papervault: Her soruna bir katman papervault: A layer for every problem

Dört soruna dört mimari yanıt. Her biri memex'in temel iskeletine eklenen yeni bir bileşen ya da mevcut bir katmanın domain-spesifik uyarlaması. Four architectural answers to four problems. Each is either a new component added to memex's core skeleton or a domain-specific adaptation of an existing layer.

Sorun 01 · Kaynak çeşitliliği Problem 01 · Source variety

→

src/fetcher/ cascade
12 kaynak adaptörü sırayla denenir (arxiv-api → arxiv-src → pmc → openalex …). Her biri 5 parser formatı destekler. Kalite skoru 0–5 arası hesaplanır; eşik geçilince cascade durur. sources-config.json ile her adapter enable/disable edilir. 12 source adapters are tried in sequence (arxiv-api → arxiv-src → pmc → openalex …). Each supports 5 parser formats. A quality score 0–5 is calculated; the cascade stops when the threshold is passed. Each adapter can be enabled/disabled via sources-config.json.

Sorun 02 · Keşif döngüsü Problem 02 · Discovery loop

→

src/search/ modülümodule
Keyword listesini OpenAlex, arXiv, Semantic Scholar, PubMed, Crossref'e paralel gönderir. paper-search-mcp CLI kuruluysa 20+ kaynak otomatik devreye girer. Sonuçlar DOI/arXiv ID üzerinden tekilleştirilir. Sends the keyword list to OpenAlex, arXiv, Semantic Scholar, PubMed, Crossref in parallel. If the paper-search-mcp CLI is installed, 20+ sources activate automatically. Results are deduplicated by DOI/arXiv ID.

Sorun 03 · Atıf grafiği Problem 03 · Citation graph

→

Çift yönlü wiki linkleri Bidirectional wiki links
Her /ingest, wiki/authors/, wiki/methods/, wiki/venues/ sayfalarını günceller veya oluşturur. Her sayfa kaynağına geri bağlanır. Sorgu: "Bu yöntemi hangi paper'lar kullanıyor?" → anında yanıt. Every /ingest updates or creates wiki/authors/, wiki/methods/, wiki/venues/ pages. Every page links back to its source. Query: "Which papers use this method?" → instant answer.

Sorun 04 · Tekrarlayan araştırma Problem 04 · Recurring research

→

research/{topic}/ + GitHub Actions
Her konu için index.md (keyword listesi), candidates.md (☐→☑→✓ kuyruğu), log.md. GitHub Actions Salı–Cuma çalışır; src/research/ yeni adayları candidates.md'ye yazar ve commit atar. Per topic: index.md (keyword list), candidates.md (☐→☑→✓ queue), log.md. GitHub Actions runs Tue–Fri; src/research/ writes new candidates to candidates.md and commits.

Pipeline

Uçtan uca akış End-to-end flow

Bir arXiv ID'sinin wiki sayfasına dönüşme yolculuğu — manuel tetikleme veya tam otomasyon. The journey from an arXiv ID to a wiki page — manual trigger or full automation.

Manuel akış Manual flow

            Başlangıç
            Start
          
arXiv ID · DOI · URL

            Kullanıcı candidates.md'den seçer
            User selects from candidates.md
          

↓

Fetch · src/fetcher/

            Cascade: 12
            kaynaksources
            × 5
            formatformats
          

            Kalite skoru ≥ eşik → cascade durur
            Quality score ≥ threshold → cascade stops
          

↓

Ham depo (salt okunur) Raw storage (read-only)

wiki/raw/papers/{slug}.md

frontmatter + abstract + full text

↓ /ingest

            Araştırmacı ajan
            Researcher agent
          
wiki/papers/YYYY-{slug}.md
Problem · Contributions · Methods · Results · Limitations

↓

Bağlantılı sayfalar Linked pages

authors/ · methods/ · venues/ · concepts/

Yeni sayfa oluşturulur veya güncellenir New page created or updated

Otomatik keşif akışı Automatic discovery flow

Tetikleyici Trigger

GitHub Actions (Salı–CumaTue–Fri)

Daemon: Sal–Per araştırmacı, Pzt orkeströr Daemon: Tue–Thu researcher, Mon orchestrator

↓

Girdi Input

research/{topic}/index.md

search_keywords listesi okunur search_keywords list is read

↓

            Arama · src/search/
            Search · src/search/
          
            5
            kaynak paralelsources parallel
            · dedup
          
            paper-search-mcp varsa 20+ kaynak
            20+ sources if paper-search-mcp installed

↓

LLM

LLM (anthropic · openai · …) → JSON

new_candidates satırları üretilir new_candidates rows are generated

↓

            Çıktı
            Output
          
research/{topic}/candidates.md

            Git commit + push otomatik
            Git commit + push automatic
          

Miras Zinciri Inheritance Chain

memex'ten ne kaldı, ne değişti What was inherited, what changed

papervault, memex'ten doğrudan türemiştir. Altyapının büyük bölümü değişmeden miras alınmıştır; domain-spesifik bileşenler sıfırdan yazılmış ya da uyarlanmıştır. papervault derives directly from memex. The bulk of the infrastructure is inherited unchanged; domain-specific components were written from scratch or adapted.

Bileşen Component	Durum Status	memex'te In memex	papervault'ta In papervault
wiki/ katmanılayer	Uyarlandı Adapted	Domain-agnostik Domain-agnostic	papers · authors · methods · concepts · venues
runner/ · locker/ · validator/	Miras Inherited	Genel wiki yazma motoru General wiki writing engine	Değişmedi Unchanged
scheduler/ · budget/	Miras Inherited	HEARTBEAT.md periyodik tetikleme HEARTBEAT.md periodic trigger	Değişmedi Unchanged
consolidator/	Miras Inherited	MEMORY.md → wiki/syntheses/ köprüsü MEMORY.md → wiki/syntheses/ bridge	Değişmedi Unchanged
agents/ (orchestrator + researcher)	Uyarlandı Adapted	Genel ingest + haftalık sentez General ingest + weekly synthesis	Paper-spesifik AGENT.md talimatları Paper-specific AGENT.md instructions
MCP hybrid search	Miras Inherited	BM25 + vector + RRF	Değişmedi Unchanged
Tier sistemi Tier system	Miras Inherited	Tier 1/2/3 bağlam yönetimi Tier 1/2/3 context management	Değişmedi Unchanged
src/fetcher/	Yeni New	—	12 adapter · 5 parser · kalite cascade quality cascade
src/search/	Yeni New	—	5 kaynaksources + paper-search-mcp opsiyoneloptional
research/{topic}/	Uyarlandı Adapted	podcasts.md ( URL kuyruğu URL queue )	candidates.md (arXiv ID / DOI kuyruğu queue )
LLM paketi LLM package	Miras Inherited	@ai-sdk/* (multi-provider)	Aynı Same — anthropic · openai · google · deepseek · llama · grok

7

Değişmeden miras alınan
bileşen Inherited
unchanged

3

Domain'e uyarlanan
bileşen Domain-
adapted

2

Sıfırdan yazılan
yeni bileşen Written
from scratch